Будущий геофизик родился 16 сентября 1949 года в городе Баку Азербайджанской ССР. После окончания Бакинского нефтяного техникума выбрал Север для реализации профессиональных знаний и амбиций.

С 1970 по 1972 годы Джафар Вагапов работал в геологоразведочных предприятиях в должности рабочего, техника-оператора, старшего техника-оператора сейсмобригады Треста «Азнефегеофизразведка». С 1972 по 2008 годы – техник-геофизик, старший геофизик, начальник сейсмоотряда, начальник партии, начальник группы сейсморазведочных партий, директор Югорской геофизической экспедиции ОАО «Хантымансийскгеофизика», начальник сейсморазведочной партии № 2 Югорского филиала ОАО «Хантымансийскгеофизика».

Внес большой вклад в организацию и проведение сейсморазведочных работ на территории Западной Сибири, во внедрение современного оборудования и техники геофизических исследований. Геофизическими подразделениями, руководимыми Джафаром Исмаиловичем Вагаповым, разведаны группа Салымских, Холмогорское, Конитлорское, Верхне-Ляминское, Приобское, Емангальское, Итьяхское, Сахалинское и многие другие месторождения Западной Сибири. Является соавтором всех производственных геолого-геофизических отчетов, составленных ответственными исполнителями по этим месторождениям.

За самоотверженный труд и преданность своему делу Джафар Исмаилович награжден медалями «Трудовое отличие», «За освоение недр и развития нефтегазового комплекса Западной Сибири», «Ветеран труда», знаками «Отличник разведки недр» и «Почетный разведчик недр».

Музей геологии, нефти и газа всегда будет помнить о великом геофизике, мы сделаем всё, чтобы память о нём дошла до потомков.